Per prima cosa, pulisci le mele: lavale bene e, senza sbucciarle, dividile in quattro parti ed elimina il torsolo. Tagliale quindi a cubetti.
Man mano che tagli le mele, immergile in una ciotola piena d'acqua insieme a qualche fettina di limone per non farle annerire. Quando hai completato il lavoro, toglile dall'acqua, scolale e mettile in una pentola, aggiungendo due bicchieri d'acqua. Falle cuocere a fuoco medio finché non si saranno ammorbidite.
Trasferici le mele cotogne in un passaverdura. Metti la polpa ottenuta di nuovo nella pentola, aggiungi lo zucchero, la polpa della vaniglia e fai cuocere nuovamente a fuoco lento per 40 minuti, mescolando di tanto in tanto con un cucchiaio di legno. Quando il composto sarà omogeneo, aggiungi il succo del limone e lascia cuocere ancora per 5 minuti.
Abbassa il fuoco al minimo e versa la confettura bollente in vasetti sterilizzati.
Metti i vasetti a testa in giù affinché si formi il sottovuoto.