In generale, il primo processo applicabile allo scarto che si intende valorizzare, è il recupero di molecole naturalmente presenti. Ad esempio, le acque di vegetazione olearia, derivanti dalla produzione dell'olio di oliva, si prestano ad essere valorizzate mediante il recupero dei polifenoli che possono essere reimpiegati in campo farmaceutico, cosmetico e nutrizionale. In seguito il recupero di altre sostanze, di interesse industriale, è a carico di processi microbici (cioè grazie a microorganismi in grado di produrre e accumulare biomolecole a partire da risorse di natura organica) che possono portare alla produzione di biopolimeri (alternative alle plastiche di origine sintetica) e biocarburanti.

L'Istituto di Scienze delle Produzioni Alimentari del CNR di Bari ha intrapreso una serie di attività finalizzate alla messa a punto di strategie per la riduzione e la valorizzazione degli scarti di produzione e consumo agroalimentare. Lo scopo è di impiegare il materiale organico di scarto che non ha trovato fino ad ora applicazione, per l'estrazione di nuove molecole di interesse commerciale, per l'impiego di materiale organico come bio-compost di produzioni alimentari innovative, per l'impiego di microrganismi. Altri studi sono volti a migliorare i film di confezionamento in modo da ridurre l'impatto ambientale (per esempio usando materiali organici, confezioni risigillabili) e lo spreco (per esempio con  pellicole 'intelligenti' che indicano la perdita di freschezza cambiando colore). O ancora, lo sviluppo di nuovi sistemi tecnologici, di miglioramento della conservazione domestica di alimenti fortemente deperibili, in collaborazione con produttori di elettrodomestici.